Muitos empregadores estão com dúvidas se tem que abonar o dia em que o empregado faltar para tomar a vacina, seja a primeira ou a segunda dose.

Na CLT não tem nada específico sobre esse assunto, porém, temos a lei 13.979/2020 que trata de algumas medidas para enfrentamento da emergência de saúde pública. Então, veja o que diz o artigo 3•:

Art. 3º Para enfrentamento da emergência de saúde pública de importância internacional decorrente do coronavírus, poderão ser adotadas, entre outras, as seguintes medidas:

d) vacinação e outras medidas profiláticas;
§ 3º Será considerado falta justificada ao serviço público ou à atividade laboral privada o período de ausência decorrente das medidas previstas neste artigo.

Então sim, será considerado falta justificada o período em que o empregado se ausentar para tomar a vacina.