A licença maternidade no décimo terceiro salário vai ser proporcional aos meses que a empregada ficou de licença no ano.

Ex: Licença de 01/06 a 29/09 aproximadamente 4 meses de licença.

Então no cálculo do 13º salário vai ficar assim
Salário de 2.000,00 / 12 meses x Qt meses
8/12 13º salário R$ 1.333,33
4/12 13º salário licença maternidade R$ 666,67

Com relação ao eSocial, essa informação vai transitar na folha anual e a rubrica de 13º salário licença maternidade terá a natureza “4051- Salário-maternidade – 13° salário” com os códigos de incidências 12-FGTS 12-IRRF e 22-INSS